Elle fait partie des plus anciens édifices du pays inscrits sur la liste du patrimoine mondial de l’Unesco. En 2012, la mosquée a été inscrite sur la liste du « patrimoine mondial en péril », suite à l’occupation et à la destruction des biens culturels de Tombouctou, par les groupes armés terroristes. Chaque année, afin de permettre à la mosquée de résister aux phénomènes météorologiques, un traditionnel crépissage est organisé où chacun participe aux travaux.